Sin duda, el reto y posiblemente mayor riesgo del Proyecto deriva de la multitud de materias y actuaciones que el referido PRTR. Por esa razón, y para un adecuado y coordinado estudio de las reformas implementadas, el Proyecto cuenta con dos instrumentos: uno, de carácter temático, se estructura entorno a dos EJES (al frente de cada uno estará una de las personas que actúa como IP), los cuales a su vez se dividen en varios objetivos -cada uno contará con una persona investigadora que actuará como coordinadora-)..

Y otro, de orden cronológico, al objeto de analizar en cada curso las reformas y su ajuste al calendario comprometido en el acuerdo de disposiciones operativas aprobado para nuestro país, de modo que las cuestiones a analizar en cada momento del Proyecto verifique el ajuste a tal calendario, no solo en términos cuantitativos sino, muy especialmente, de la incidencia cualitativa que tal orden de implementación de las reformas supone para alcanzar el objetivo de la pretendida inclusión.